諌早湾干拓の弊害としては、魚介類の産卵・生育の場であった干潟の消滅による水産資源の減少、干潟の浄化機能が失われることによる水質悪化などが以前から指摘されてきました。加えて最近では、諌早湾の閉め切りによる潮汐や潮流の変化が、赤潮の大規模化や海底の酸素濃度の減少などをもたらし、有明海全体の漁業やノリ養殖に悪い影響を与えていることが明らかになりました。これらの因果関係を大まかに整理すると、下の図のような流れになります。

★次ページ以降に、上の図の各項目に関する詳しい説明があります。
　・潮流潮汐の変化／海水の成層化・・・・・・・・・・・・・・・・３ページ
　・貧酸素水塊の発生・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・４ページ
　・赤潮の増加・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・５ページ
　・浮泥の沈降・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・６ページ
　・干潟の消滅／水質浄化機能の消滅・干潟の生物の死滅・・・・・・７ページ
　・有明海再生には水門開放が必要・・・・・・・・・・・・・・・・８ページ